저 같은 경우는 footer.php에 코드를 삽입하지 않고 사용합니다.
single.php나, index.php 등등 네비게이션이 나오는 자리의 코드를 대체해서 사용하고 있습니다.
single.php나, index.php 등을 보시면 아래와 같은 코드들이 있는 부분이 있는데요.

<div class="navigation">
  <div class="alignleft"><?php previous_post_link('&laquo; %link') ?></div>
  <div class="alignright"><?php next_post_link('%link &raquo;') ?></div>
</div>

<div class="navigation">
  <div class="alignleft"><?php next_posts_link('&laquo; Previous Entries') ?></div>
  <div class="alignright"><?php previous_posts_link('Next Entries &raquo;') ?></div>
</div>

이 코드들을 지우고 그 자리에 pagenavi 코드를 넣었습니다.

<div><?php wp_pagenavi(); ?></div>

음…설명이 좀 이상한가요?
아무튼, 기존 사용하시는 테마의 네비게이션 자리에 pagenavi 코드를 삽입해 보세요…^^;;