워드프레스에서 자체 계산한 Query와 커스텀으로 넣으신 Query의 차이에서 오는 문제로 보입니다.
워드프레스는 URL 요청을 분석하여 자동으로 Query를 생성하는 것이 기본이므로, 어떤 URL로 접속하는지에 따라 달라지게 됩니다.
paged 값을 get_query_var(‘paged’)로 지정한다는 것은 워드프레스의 기본 요청값을 따르겠다는 것이므로, paged 와 URL의 페이지 번호 인자를 기본값과는 다르게 지정해 보시기 바랍니다.
예를 들어 http:/abc.com/page/path/?custom_paged=6
이렇게 하려면, 페이지 번호를 뿌려주는 paginate_links() 등의 함수에서도 관련 변수를 바꿔주셔야 할 것입니다.
단순히 어떤 목록에서 표시되는 글 갯수만 특정하고 싶으시다면, 플러그인을 활용해 보시기 바랍니다.
https://wordpress.org/plugins/custom-posts-per-page/
